Ja, eben. Wer sagt denn, welche Datei versteckt ist und welche nicht? Auf der Konsole sagt das der entsprechende Befehl (ls) und in der Desktopumgebung sagt das der Dateibrowser, würde ich sagen. Es ist also ein Feature dieser Programme. Da du diese Programme wohl nicht ändern willst, lassen sich auch nicht so einfach neue, versteckte Dateitypen hinzufügen.
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UNIX Source Code von ls

freundliche Grüße, Rolus